DSP 空间转录组/蛋白质测序
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DSP空间转录组/蛋白质测序——空间自定义区域转录组/蛋白质表达检测
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GeoMx Digital Spatial Profiler（DSP）是NanoString Technologies推出的新一代空间多靶标分析系统，结合了组织影像分析和测序定量技术，实现人和小鼠组织切片上18,000多种编码基因和140多种蛋白的定量分析。技术路线
组织样本贴片后，利用DSP Oligo 标记探针/抗体和免疫荧光标记抗体对样本孵育；再通过显微扫描获取的荧光标记图像，用于圈选感兴趣的区域（Region of Interest ROI）；用UV光解每个ROI的DSP barcode（该barcode与基因是唯一对应关系），或对ROI内不同荧光标记区域分割后，再光解 DSP barcode，实现基因表达水平定量。切片
质控
染色成像
探针杂交
建库测序
数据分析
定量试剂
靶点特异性互补序列/抗体通过光可切割连接子与DSP barcode连接。利用UV照射ROI释放并收取探针/抗体上的DSP barcode。由于DSP barcode与基因是唯一对应关系，对收集的barcode序列建库测序，即可获取对应基因及其表达信息。DSP 转录组探针
靶点特异性互补序列/抗体通过光可切割连接子与DSP barcode连接。利用UV照射ROI释放并收取探针/抗体上的DSP barcode。由于DSP barcode与基因是唯一对应关系，对收集的barcode序列建库测序，即可获取对应基因及其表达信息。 物种 探针类型 探针信息 人和小鼠 WTA（全转录组） 检测＞18000个基因 人 CTA（癌症相关基因转录组） 检测＞1800个癌症相关基因 物种 基因/通路 Core 人 CD45、Ki-67、Beta-2-microglobulin、CD31和6个 controls 小鼠 CD45、Ki-67、CD31、GFP和6个 controls Module (14个) Immune Cell Typing、IO Drug Target、Immune Activation Status、Pan-Tumor、Cell Death、 PI3K/AKT Signaling、MAPK Signaling、Myeloid、Neural Cell Typing、Alzheimer’s Disease Pathology、Alzheimer’s Disease Pathology Extended、Parkinson’s Disease Pathology、Glial CellSubtyping、Autophagy 人和小鼠免疫荧光标记
DSP仪器支持4种荧光标记抗体染色成像（含核DNA荧光染料syto13）。诺禾致源可提供PanCK、CD45、Iba1和Beta amyloid、 Syto13 (DNA) 等荧光标记抗体，同时支持客户自行购买适用于免疫荧光标记的直标抗体。 Channel Excitation (peak/bandwidth) Emission (peak/bandwidth) Emission (peak/bandwidth) Suggested Fluorochromes Alzheimer FITC/525 nm 480 /28 nm 516/ 23 nm Syto13 (DNA)AF488 DNA Cy3/568 nm 538/ 19 nm 564/ 15 nm AF532、PE Syto83 (DNA) PanCK Iba1 Texas Red/615 nm 588/ 19 nm 623/ 30 nm AF594 CD45 Texas Red/615 nm Cy5/666 nm 645/ 19 nm 583/ 30 nm AF647 Dylight 650圈选方式
DSP平台根据研究目的选择任何感兴趣的组织区域（region of interesting, ROI）检测RNA或蛋白质表达水平。DSP平台提供多种ROI的选择方式：几何圈选、分割圈选、散在细胞类型圈选、等高线圈选、网格圈选。信息分析
数据经过严格质控，采用NanoString官方推出的分析流程，完成ROI 差异表达分析和功能富集分析等内容，确保数据分 析准确性和可靠性。 分析内容 数据截取与比对 样本一致性 样本质控 差异表达基因分析 探针质控 GO富集分析 数据归一化 KEGG 富集分析 聚类/降维 Reactome 富集分析送样建议
样本类型 送样量/样 保存条件 运输条件 OCT包埋冰冻组织块 1块 密封后，-80℃保存包埋盒外标注切割面 冰袋运输 FFPE 组织块 1块 密封后，4℃保存 冰袋运输 冰冻切片 ≥ 4张切片（邻片） 切片厚度~5 μm 使用防脱片载玻片贴片；密封后，-80℃保存 冰袋运输 FFPE 切片 ≥ 4张切片（邻片）切片厚度4~6 μm 使用防脱片载玻片贴片；玻片干燥密封，4℃保存时间＜14天 冰袋运输应用方向
常见问题
1. 免疫荧光抗体怎么选？
免疫荧光标记是DSP空间组学研究的初始步骤之一，也是重要的环节。DSP仪器具有4个荧光通道，可以对应检测4种荧光标记；通常FITC通道用作核染，其余三个检测特异性抗体荧光标记。关于免疫荧光标记抗体选择，有以下几种方案： （1）采用诺禾致源提供的直标抗体，包含PanCK、CD45、Iba1、Beta amyloid 和 Syto13 (DNA)。 （2）如果所需抗体不在诺禾致源提供范围内，支持自行购买适用于免疫荧光标记的直标抗体（即一抗偶联荧光基团的免疫荧光标记抗体），抗体荧光符合DSP仪器荧光通道。 （3）如果没有供应商提供所需直标抗体商品，支持自行购买适用于免疫荧光的一抗和荧光染料，寄送至诺禾致源将一抗与荧光染料偶联进行免疫荧光标记，染料荧光信号需符合DSP仪器荧光通道。 按以上顺序依次为优先推荐选项2. DSP 空间转录组/蛋白质测序如何准备样本？
DSP 空间转录组支持OCT包埋冰冻组织、FFPE石蜡块、冰冻切片和FFPE切片等样本送样。冰冻组织（干冰运输）和FFPE石蜡块（冰袋运输）包埋好后，寄送至诺禾致源。冰冻切片和FFPE切片需要贴在防脱片载玻片上，密封保存寄送至诺禾致源，冰冻切片采用干冰运输，FFPE切片采用冰袋运输。组织切片贴在下图绿色区域内、没有皱着和破损，否则将无法获取DSP空间数据。 图注：浅蓝色边框为载玻片大小；深蓝色六边形为仪器固定区域；绿色矩形为贴片区域和仪器捕获范围3. DSP 空间转录组与10x Visium 空间转录组有什么区别？
DSP空间转录组可以自定义圈选组织位置检测转录组或蛋白质测序，检测的组织面积是14.6mm*36.2mm，支持的送样类型
