甲状腺乳头状癌以外科治疗为主，辅以术后内分泌治疗、放射性核素治疗。某些情况下，还需辅以放射治疗、靶向治疗。根据患者的病情不同，制订个体化的临床诊治方案。
由于甲状腺乳头癌对放化疗不敏感，放化疗故不作为常规治疗手段。
药物治疗甲状腺素血清促甲状腺激素（TSH）能促进甲状腺癌的生长，甲状腺素能预防甲状腺功能减退及抑制血清TSH，即甲状腺癌的内分泌治疗。
针对甲状腺乳头状癌手术后应给予内分泌治疗，因肿瘤发生发展缓慢，治疗时间较长，甚至部分患者应终身服用甲状腺素，剂量一般以保持TSH低水平，但不引起甲亢为原则。常用药为左甲状腺素。
注意事项左甲状腺素钠片应清晨空腹顿服。首次服药或调整剂量后4周，患者应测定血清TSH水平，以观察疗效。血清TSH水平稳定后，则逐渐延长监测间隔≥6个月。
同时，应注意有无甲状腺素中毒症、焦虑、睡眠障碍、心悸、房颤及骨质疏松等不良反应。
靶向治疗靶向治疗是在细胞分子水平上，针对肿瘤特有的“靶点”精准打击的新型治疗方法。
对于进展较迅速、有症状的晚期放射性碘难治性乳头状癌患者，可考虑使用多种激酶抑制剂，如索拉非尼、乐伐替尼等。最常见的不良反应有腹泻、皮疹、脱发和手足综合征，对该药物成分过敏的患者禁用。
手术治疗甲状腺乳头状癌恶性程度低，如癌变部位还在腺体内，且颈部无淋巴结肿大者，可做甲状腺腺叶加峡部切除术或全/近全甲状腺切除术，如果已经有淋巴结肿大，则应进行相应区域的淋巴结清扫。
腺叶加峡部切除术术式腺叶加峡部切除术，即切除患侧腺叶及峡部。
适应证需满足以下所有条件：无颈部放射史、无远处转移、无甲状腺外侵犯、无颈淋巴结转移、肿块直径小于4cm。
手术特点这是早期甲状腺乳头状癌最常用的手术方式。有利于保护甲状旁腺功能，减少喉返神经损伤，也利于保留部分甲状腺功能。但可能遗漏对侧甲状腺内的微小病灶，不利于术后通过血清甲状腺球蛋白和碘-131全身显像监控病情。
如果术后经评估还需碘-131治疗，则要再次进行手术切除残留的甲状腺。
全/近全甲状腺切除术术式全甲状腺切除术即切除所有甲状腺组织，无肉眼可见的甲状腺组织残存。近全甲状腺切除术即切除几乎所有肉眼可见的甲状腺组织。
适应证需满足以下一项：
颈部有放射史；已有远处转移；双侧癌结节；甲状腺外侵犯（癌细胞突破腺体被膜向周围生长）；肿块直径大于4cm；不良病理类型（高细胞型、柱状细胞型、弥漫硬化型等）；双侧颈部多发淋巴结转移。手术特点该手术为一次性治疗多病灶；利于术后监控肿瘤的复发和转移；利于术后碘-131治疗；减少肿瘤复发和再次手术，从而减少再次手术导致的严重并发症；准确评估患者的术后分期和危险度分层等特点。但术后将不可避免地发生永久性甲减，术后甲状旁腺功能受损和（或）喉返神经损伤的概率增大。
颈淋巴结清扫颈淋巴结清扫分治疗性和预防性两种。
治疗性清扫，指术前或术中发现淋巴结转移癌后，系统切除颈部淋巴结；预防性清扫，指常规切除易发生转移颈部相关淋巴组织，无论术前超声检查是否提示存在淋巴结转移，均切除颈淋巴结。治疗性淋巴结清扫得到了广泛认可，而对预防性清扫则存在较大争议。目前，国内多主张行预防性中央区淋巴结清扫，但多不主张对临床淋巴结阴性患者作预防性侧颈淋巴结清扫。
术后并发症出血甲状腺手术出血的发生率为1%~2%，多见于术后24小时以内。主要表现为引流量增多，呈血性，颈部肿胀，患者自觉呼吸困难。
神经损伤主要是喉返神经损伤和喉上神经损伤。
甲状腺手术喉返神经损伤的发生率为0.3%~15.4%，患者术后表现为声音嘶哑、饮水呛咳，严重者出现呼吸困难、危及生命。甲状腺手术喉上神经损伤发生率为0.4%~6.1%，患者术后声音会变得低沉。
甲状旁腺功能减退术后永久性甲状旁腺功能减退的发生率约为2%~15%。主要表现为术后低钙血症，患者出现手足发麻感、口周发麻感或手足抽搐。
感染甲状腺术后切口感染的发生率约为1%~2%。切口感染的危险因素包括糖尿病、免疫功能低下等。切口感染的表现包括发热、引流液浑浊、切口红肿渗液、皮温升高、局部疼痛伴压痛等。
淋巴漏常见于颈部淋巴结清扫后，表现为引流量持续较多，多呈乳白色不透明液，也称为乳糜漏。长时间淋巴漏可致血容量下降、电解质紊乱、低蛋白血症等。
局部积液（血清肿）甲状腺术后局部积液的发生率约为1%~6%，手术范围越大发生概率越高。其主要与术后残留死腔相关。
其他甲状腺手术还可引起一些其他少见的并发症，如气胸（颈根部手术致胸膜顶破裂引起）、霍纳综合征（颈部交感神经链损伤）、舌下神经损伤引起伸舌偏斜、面神经下颌缘支损伤引起口角歪斜等。
中医治疗目前，中医治疗甲状腺癌，一是配合手术，以减轻不良反应，提高体力，改善食欲，抑制肿瘤发展，控制病情等，起到辅助治疗及终末期支持治疗的作用；二是作为不接受手术患者的自我选择治疗手段。
常用的方剂有八珍汤、当归补血汤、十全大补汤、补中益气汤加减等。
其他治疗碘-131治疗甲状腺癌细胞具有摄入碘-131的功能。而碘-131发射出的射线具有电离辐射生物效应，可破坏残余甲状腺组织和癌细胞，因此能清除甲状腺癌术后残留甲状腺组织（简称清甲）和治疗甲状腺癌转移病灶（简称清灶）。
禁忌证妊娠期或哺乳期妇女；计划6个月内妊娠者。
